Основными методами анализа являются диалектический метод, методы индукции и дедукции, детализации и систематизации, метод синтеза (обобщения), метод линейного программирования, метод цепных подстановок, индексный и балансовый методы и многие другие.
Шестакова в качестве метода выявления латентности политических убийств предлагается использовать способ подстановки определённых признаков выявления латентности под конкретный случай гибели.
Для проведения анализа бюджета используется сложный инструментарий: методы сравнения, группировки, методы цепных подстановок, система коэффициентов и т.