При отсутствии секреторного IgA наблюдается предрасположение к различным формам локальных поражений желудочно-кишечного тракта (таким как муковисцидоз, язвенный колит, терминальное воспаление подвздошной кишки, стоматиты), а также ревматоидному артриту и другим заболеваниям соединительной ткани.
После двенадцатитиперстной кишки пища попадает вначале в тощий кишечник, а потом в тонкий; затем после подвздошной кишки пищевые продукты проходят клапан в виде чернильницы-непроливайки (багнеевой заслонки) и попадают вначале в толстый кишечник, а затем в прямую кишку.
Следующий за двенадцатиперстной кишкой отдел тонкого кишечника — тощая кишка, которая составляет примерно две пятых всей длины кишки и далее переходит в подвздошную кишку.