Пробиотики получают на основе либо бифидобактерий (бифидумбактерин, бификол), либо лактобактерий (лактобактерин, ацилакт, аципол), либо споровых бактерий (биоспорин, бактисубтил), реже на основе условно-патогенных кишечных палочек (биофлор).
Но доминируют над всеми бактерии — например, эшерихия коли (Escherichia coli), кишечная палочка, которая у нас ассоциируется прежде всего с расстройством желудка, случающимся из-за плохо промытой зелени.