Некоммерческие организации, как и многие другие хозяйствующие субъекты системы народного хозяйства, могут подвергаться обязательному аудиту по инициативе вышестоящих органов (в том числе и государственных) и инициативному аудиту — по решению руководящих органов данной некоммерческой организации.
Основная цель инициативного аудита — выявить недостатки в ведении бухгалтерского учёта, составлении отчётности, налогообложении, провести анализ финансового состояния хозяйствующего объекта и помочь ему в организации учёта и отчётности.
Инициативный аудит проводится по решению самого экономического субъекта, для чего заключается договор с аудиторской фирмой (индивидуальным аудитором), где оговариваются характер и масштабы проверки.