В заточении он принялся лечить больных, но не утерпел, чтобы не кольнуть царя своими целительными чудесами, послал ему список излеченных, а царскому посланцу сказывал, был-де ему глагол, отнято-де у тебя патриаршество, зато дана чаша лекарственная: «лечи болящих».
Церковная реформа, привёдшая к ликвидации патриаршества и включению религиозных учреждений в систему государственного аппарата, окончательно подорвала возможность церкви быть противовесом самодержавию.