Ферменты могут иметь один или два активных центра.

Если в результате мутации изменён активный центр фермента — нарушается его каталитическая активность и сродство к субстрату; если затронут аллостерический центр — нарушается регуляция активности фермента метаболитами и гормонами.

Кислотность в месте реакции предоставляет сам фермент (подавая или отнимая протон в нужном месте), физическое столкновение обеспечивает сам (дыба плюс гильотина), кислород подаёт сам или использует для этого вспомогательные коферменты, он же понижает энергетический барьер реакции, поскольку «сила удара» задана самой конструкцией активного центра фермента.

Если угодно, активный центр фермента представляет собой комбинацию дыбы и гильотины.

На второй стадии, протекающей также в активном центре фермента, новая карбоксильная группа, ковалентно связанная с простетической группой фермента, переносится на пируват с образованием оксалоацетата.

Часть фермента, которая присоединяет субстрат и содержит каталитические аминокислоты, называется активным центром фермента.