Во время войны в госдепе была учреждена должность специальных агентов — сотрудников, профессионально обеспечивавших безопасность дипломатических представительств.
Были созданы инженерный департамент и медицинское управление, учреждена должность генерал-интенданта, которому поручалось управление провиантским и комиссариатским департаментами, улучшено управление артиллерийским департаментом, перестроены счётный и аудиторский департаменты.