При присуждении выпускникам академий учёных степеней за основу брался разрядный список, который составлялся в процессе выпускных мероприятий, но с учётом всех оценок по экзаменам и сочинениям за четыре года обучения.
Институт научно-богословской аттестации по своим организационным принципам был очень похож на институт научной аттестации российских университетов, особенно на уровне присуждения учёных степеней.
Несмотря на изменения, происходящие на протяжении XIX — начала XX в., научно-богословская аттестация сохраняла определённую стабильность: два этапа оценки научной работы, присуждение учёных степеней и утверждение этого акта.