Различают две функциональные группы — карбоксильную, определяющую кислотные свойства молекул, и аминогруппу, придающую основные свойства этим соединениям.
Громадная полипептидная цепь самопроизвольно складывается в пространстве за счёт взаимодействия между остатками карбоксильных и аминогрупп аминокислотных остатков.
Обе аминогруппы этих аминокислот могут участвовать в образовании пептидных связей, причём вторые аминогруппы — в формировании дополнительных пептидных связей между гетерополимерными цепочками.
Две особенности пептидного хвоста заслуживают внимания: наличие аминокислот в D-форме (неприродная конфигурация) и высокое содержание аминокислот с двумя аминогруппами.