Вирус отличался присутствием в своей архитектуре полиморфных алгоритмов, обладал различными функциями антиотладки, препятствующими попыткам его анализа, и обладал способностью заражать исполняемые файлы.

При этом сам код, описывающий алгоритм формирования исполняемого файла вируса, тоже не остаётся постоянным и меняется от одного инфицированного объекта к другому.

Однако главная его опасность заключалась в том, что каждую пятницу, выпадавшую на 13-е число (кроме 1987 года), вирус уничтожал исполняемые файлы всех без исключения запускающихся на инфицированном компьютере программ, что, естественно, нарушало нормальную работу персоналок.

Jerusalem был резидентным вирусом, использовавшим около 2 Кбайт оперативной памяти компьютера и заражавшим все запускающиеся в системе исполняемые файлы за исключением основного компонента ядра MS-DOS — файла command. com.

В последнее время обретает популярность новый формат архивов — 7Z, однако в силу малой распространённости этого архиватора файлы с его помощью обычно упаковываются в самораспаковывающиеся архивы, в результате чего получается исполняемый файл, и для распаковки такого архива внешняя программа не требуется.

Некоторые исполняемые файлы поддерживают дополнительные параметры своего запуска — текстовые команды (или группы команд), которые позволяют запустить приложение в режиме, отличном от основного.

При этом вся инфраструктура Skype законспирирована, несмотря на то что аппаратные «скайпофоны», интегрированные с обычными DECT-трубками, стали привычной приметой западных офисов; несмотря на открытость API для независимых разработчиков совместимых приложений, исполняемые файлы, протокол обмена и даже архитектурные принципы построения сети Skype её владельцы никому не раскрывают.

Во-вторых, в зависимости от выполняемой в настоящее время работы (проверка почтового сообщения, исполняемого файла, программы или сценария, обновления сигнатурных баз) он также изменяет внешний вид.