Затем постепенно увеличивается количество слизи за счёт усиления функции бокаловидных клеток и слизистых желез, поэтому отделяемое становится серозно — слизистым, содержит хлорид натрия и аммиак, что обусловливает раздражающее действие на кожу и слизистую оболочку.

Атрофический хронический дуоденит сопровождается дисрегенераторными изменениями, выражающимися истончением слизистой оболочки, уменьшением количества крипт, ворсинок, эпителия, в том числе и бокаловидных клеток, одновременно разрастается соединительная ткань как в собственном слое, так и в подслизистой основе.

Биопленка, покрывающая слизистые оболочки кишечника, помимо полисахаридов микробного происхождения, состоит из колоний микроорганизмов, а также муцина, продуцируемого бокаловидными клетками.

Интенсивное преобразование их в бокаловидные клетки, вырабатывающие слизь, приводит к заметному сокращению выработки сурфактанта (вторичная сурфактантная недостаточность) и повышению продукции слизи, толщина слоя которой значительно возрастает.

Дело в том, что слизь бокаловидных клеток содержит в своём составе специальные ферменты (муцин, лизоцим), обладающие бактерицидным действием.

Расширяются слизистые железы, и увеличивается число бокаловидных клеток, что ведёт к гиперсекреции слизи.