Система государственного контроля базируется на следующих основных принципах: законодательное определение статуса, полномочий и ответственности контрольных органов; наделение контрольных органов соответствующими государственными полномочиями, позволяющими им должным образом влиять на подконтрольные объекты, обеспечивая действенность контроля; независимость контрольных органов при осуществлении своих полномочий от государственных и муниципальных органов, организаций и должностных лиц; скоординированность действий контрольных органов; регулярность проведения контроля, высокий профессионализм проверяющих, применение хорошо зарекомендовавших себя методов проверок; неотвратимость наказания виновников выявленных на
рушений исполнительской дисциплины; соизмеримость нарушений исполнительской дисциплины и мер воздействия к нарушителям; обязательное расследование инцидентов, связанных с нарушениями, с последующим их анализом, разработкой соответствующих мер и корректировкой нормативных актов и технических документов; гласность результатов проводимых проверок с сохранением государственной и коммерческой тайны проверяемых субъектов хозяйственной деятельности; единая методология проведения контроля, общая информационная база, обеспечивающая доступ к информации, не представляющей государственную тайну, всех органов государственного контроля, эффективная организация обратной связи, позволяющая установить непрерывный контроль за состоянием подконтрольного объекта; эффективность государственного контроля с точки зрения как его результативности (действенности), так и экономичности (обоснованности затрат на содержание контрольных органов, соответствия затрат результатам их деятельности).
