У пурпурных бактерий хлорофилл замаскирован пурпурно-красным или коричневым пигментом, а фотосинтезирующий аппарат заключён в клеточную мембрану, у зелёных — в клеточную мембрану или в специальные органеллы — хлоробиум-везикулы, локализованные в цитоплазме или мембране.