Существенным недостатком этих формирований являлась неприспособленность моряков к длительному ведению позиционной войны, невысокая дисциплина во многих отрядах на отдыхе или при переформировании в тылу.
Значительный отряд десантников высадился во внутренней акватории, произвёл многочисленные разрушения, но не добрался до убежища подлодок, которое было защищено благодаря принятым германскими моряками оборонительным мерам.
Кроме того, система организации по «районам» (термин, относящийся к партизанскому командованию, вышестоящему по отношению к отряду, но находившемуся в подчинении штаба) сохраняла остатки связи с административно-территориальным делением и вместе с тем позволяла действовать достаточно гибко при привлечении большого количества бывших военных и моряков в качестве офицеров и рядовых бойцов партизанских отрядов.
Наряду с отборной командой моряков на борту находился хорошо вооружённый отряд из двухсот профессиональных солдат и свирепые собаки, специально обученные охоте на людей.