Наиболее часто встречаемые из них — дизентерийная амёба, жиардии (лямблии), трихомонады, лейшмании, трипаносомы — отнесены к типу Sarcomastigophora (саркодово-жгутиковые);
плазмодии малярии и токсоплазмы — к типу Apicomplexa (образующие скопление клеток), а балантидии — к типу Ciliophora (ресничные).