При отсоединённой задней части рукоятки пистолет не может стрелять — ударник автоматически спускается с боевого взвода, а сам ударно-спусковой механизм блокируется.

P99 имеет модульную конструкцию и высокую степень безопасности в обращении за счёт использования нескольких автоматических предохранителей в сочетании с клавишей безопасного спуска ударника с боевого взвода и отсутствием внешнего, управляемого вручную флажкового предохранителя.

P88 по обеим сторонам рамы имеются рычаги безопасного спуска курка с боевого взвода, при отсутствии внешних предохранителей, которые так же выполняют функцию затворной задержки.

Флажковый предохранитель, расположенный на левой стороне затвора-кожуха, при включении блокирует ударник и одновременно осуществляет безопасный спуск курка с боевого взвода.

Ещё одной немаловажной особенностью конструкции является способность предохранителя безопасно спускать курок с боевого взвода, что осуществляется при отжатии рычага с горизонтального положения «огонь» вниз до упора.

Вместо классического флажкового предохранителя, оружие оснащено двухсторонним рычагом безопасного спуска курка с боевого взвода, размещённым в тыльной части рамы.

Когда патрон находится в патроннике и курок удерживается шепталом за боевой взвод, остаётся только навести оружие на цель, поместить указательный палец в спусковую скобу, а затем плавно и равномерно выбрать свободный ход спускового крючка и так же плавно дожать оставшуюся часть его хода.

На тыльной поверхности спускового крючка имеется выступ, служащий ограничителем хода, который устраняет провал спуска при срыве боевого взвода курка с шептала, повышая этим точность стрельбы.