К микрофлоре относятся водоросли, бактерии, цианобактерии, грибы, дрожжи, миксомицеты и актиномицеты, которые могут разлагать любые природные материалы.

Например, миксомицеты на той или иной стадии своего развития во многом похожи на амёб, способных активно передвигаться в пространстве и питаться гетеротрофно.