Цветки — одиночные, на длинных пониклых цветоножках, выходящих между основаниями парных листье в.

В экстрактах сухих цветков и листье тысячелистника содержатся фитонциды, обладающие протистоцидным действием на парамеций и бактериостатически — на стафилококки (золотистый и белый) и негемолитический стрептококк.