Из вторичных костей состоит жаберная крышка костных рыб — орган, появляющийся только в этом классе и определяющий формирование более энергичного и эффективного механизма жаберного дыхания.

Преобразования осевого скелета у хрящевых и костных рыб, повышающие эффективность плавания, шли по двум направлениям: образование позвоночника, состоящего из большого числа подвижно сочленённых позвонков, и его дифференциация на туловищный и хвостовой отделы.

Согласно четвёртой гипотезе, это — искусственно сгруппированные члены рыбьего сообщества, близкие по происхождению к акулам, и другие, которые произошли раньше, чем акулы и костные рыбы.

Плакодермы являлись: 1) близкородственными к акулам или их же родственникам — хрящевым рыбам; 2) либо близкородственными костным рыбам; 3) либо примитивной древней группой — предком акул и костных рыб.

Обладая теперь одним из самых лучших образцов сохранившихся черепов из всех раскопанных птиктодонтид, я пребывал в оптимистическом ожидании чего-то восхитительного от близкой связи нашей рыбки с ранними акулами или костными рыбами, двумя главными ныне живущими группами рыб.

Костные рыбы, наиболее разнообразные и широко распространённые, существовали бок о бок с этими хрящевыми видами.

В водной среде к челюстноротым относятся два класса: хрящевые и костные рыбы.

Среди костных рыб многочисленны кистепёрые рыбы, двоякодышащие рыбы и уже появляются лучепёрые.