органелла
1. цитол. специализированная субклеточная структура, выполняющая определённую функцию
2. биол. постоянный (в отличие от клеточного включения), дифференцированный участок тела одноклеточного организма
Источник: Wiktionary.org
Некоторые различия касаются лишь строения их мембран и отдельных органелл.