Сигналы, которые были охарактеризованы, включают не линейные нуклеотидные последовательности, а вторичные структуры в виде петель, тРНК-подобных структур и псевдоузлов, которые создают специфические трёхмерные молекулярные формы, способные взаимодействовать только с вирусными ферментами и структурными белками вируса.

Их роль как инициаторных кодонов определяется рибосомами благодаря особой вторичной структуре, которая образуется на мРНК в районе расположения этих триплетов.

Вторичная структура и функция белков нарушаются.

Третичная структура белка образуется при взаимодействии вторичных структур и стабилизируется ковалентными, ионными, водородными связями и гидрофобными взаимодействиями.

Третичная структура зависит от взаимодействия вторичных структур, четвертичная, как правило, образуется при объединении нескольких молекул с третичной структурой.

Вторичная структура — это система взаимодействий между аминокислотами в составе одной и той же полипептидной цепочки, расположенными близко (через считаные остатки друг от друга).

Этот уменьшившийся наблюдатель был бы уже ближе к абсолютной реальности, но по-прежнему далёк от неё, так как реальность вторичной структуры обусловлена реальностью третичных структур, их взаимодействием и взаиморасположением, и он должен был бы заняться изучением структуры галактики, утратив ощущение целостности метагалактики, оказавшись внутри неё.

Тогда предел восприятия нашего наблюдателя оказался бы ограничен вторичной структурой — галактикой, иначе, занявшись изучением детальной структуры галактику, он потерял бы ощущение метагалактики, как целостности.