Испражнения исследуют в свежем виде с использованием нагревательного столика, что обеспечивает выявление псевдоподий у дизентерийных амёб и ресничек у балантидий.

Органеллами движения у балантидий служат многочисленные реснички.

Размеры жгутиконосцев составляют 10 — 40 мкм в длину и 2 — 8 мкм в ширину, а балантидий — 30-150x20-110 мкм.