Сердце екает (разг.) — бьется неровно, с перебоями (от испуга или сильного волнения).
См. также ёкать.
Источник: «Толковый словарь русского языка» под редакцией Д. Н. Ушакова (1935-1940);
Ведь, как только мы начинаем о ком-то или о чём-то переживать, горевать или радоваться, то у нас сразу же на это реагирует орган сердце — начинает сильнее биться, «сжимается», «замирает», «выскакивает из груди», «холодеет» или «становится тепло на сердце», «сердце ёкает» и т.